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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

2022全国十大考古新发现初评启动 山东沂水跋山遗址等入围******

　　中新网2月3日电 据国家文物局网站消息，2月3日，2022年度全国十大考古新发现初评启动。候选项目均为各发掘资质单位主动申报，经国家文物局审核，最终确定32项参评，包括湖北十堰学堂梁子遗址、山东沂水跋山遗址、山东临淄赵家徐姚遗址、河北尚义四台遗址、安徽含山凌家滩遗址等。国家文物局表示，推介活动办公室将组织投票推荐产生20项进入终评。

　　2022年度全国十大考古新发现初评候选项目

　　(按年代早晚排序)

　　1 湖北十堰学堂梁子遗址

　　2 山东沂水跋山遗址

　　3 山东临淄赵家徐姚遗址

　　4 河北尚义四台遗址

　　5 安徽含山凌家滩遗址

　　6 甘肃庆阳南佐遗址

　　7 山西兴县碧村遗址

　　8 陕西西安太平遗址

　　9 河南偃师二里头遗址

　　10 山西绛县西吴壁遗址商代墓地

　　11 河南郑州商都遗址书院街墓地

　　12 河南安阳殷墟商王陵区及周边遗存

　　13 陕西旬邑西头遗址

　　14 陕西韩城陶渠遗址

　　15 山东临淄南马坊大墓和车马坑

　　16 陕西西安秦汉栎阳城遗址

　　17 云南晋宁河泊所遗址

　　18 广西合浦望牛岭汉墓

　　19 湖南桑植官田遗址

　　20 贵州贵安新区大松山墓群

　　21 陕西西安隋唐长安城朱雀大街五桥并列遗址

　　22 吉林珲春古城村1号寺庙址、2号寺庙址

　　23 新疆奇台唐朝墩古城遗址

　　24 西藏曲水温江多遗址

　　25 浙江杭州净慈寺遗址

　　26 河南开封州桥及附近汴河遗址

　　27 浙江温州朔门古港遗址

　　28 广东佛山奇石窑和文头岭窑宋代窑址

　　29 宁夏贺兰苏峪口瓷窑址

　　30 山东元代济南王张荣家族墓地

　　31 湖北武当山五龙宫遗址

　　32 陕西靖边清平堡遗址

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）